補足

環境により大きく指し手生成速度が変わるので、
私が分かっていることだけは書いておきます。

・Cygwin はすごく遅い。vmware で Linux 動かしてる位遅い。
・32bit OS はすごく遅い。64bit 演算が多いので仕方ない。
・g++4.4 は make sse とかで SSE 使うとすごく遅い。gcc のバグです。
make release としていれば問題無いです。
・g++4.5 以降は特に問題なし。
・Visual C++ は特に問題なし。(昔ビルドしたことがあるので多分)
・make sse より make release の方が何故か指し手生成は速い。
(NPS は make sse の方が速いのですが。)

64bit 版の Linux が一番楽ですが、
64bit 版の Windows + MinGW or Visual C++ でも速度出ると思います。

更に補足。
今実験したら MinGW も遅かった。でも Cygwin 環境との共存に失敗してる気がする。
結局良くわかりません。

あと、Linux i7 2700K で 400万回/秒だと何度も言ってたのに、今計ると370万回/秒しか出てなかった。バグ直したときに速度落ちたのかもorz